Son histoire s’ouvre sur une question : d’où vient le Trousseau ? Longtemps, les vignerons du Jura l’ont considéré comme autochtone, installé “depuis toujours” entre l’Arbois, la Côte du Jura et les replis secrets de Pupillin ou Montigny-lès-Arsures. Pourtant, les recherches ampélographiques récentes (INRA, Vitis International Variety Catalogue) ont révélé que le Trousseau partage une surprenante parenté avec un cépage portugais, la Bastardo (aussi nommé Merenzao en Galice). Les analyses ADN menées au début des années 2000 établissent un cousinage certain : le Trousseau a voyagé, autrefois, par des routes oubliées reliant le nord de l’Espagne, le Portugal et la Franche-Comté (VIVC).
Sa présence dans le Jura se documente dès le XVIIe siècle, mentionnée dans les écrits de Pierre de Saint-Vincent et de l’abbé Rochette. Mais c’est au XVIIIe que le cépage s’impose véritablement, au gré de sélection massale et d’un goût local pour des rouges plus corsés. Autrefois, le Trousseau était appelé “Bastard noir” ou “Truchot”, selon les patois villages.